实验室实行依托单位领导下的主任负责制，实验室主任负责组织重点实验室的运行和管理。学术委员会是重点实验室的学术指导机构，负责审议实验室的发展目标、研究方向、重大学术活动、年度工作计划、制定经费使用计划和审定研究课题等，每年召开一次会议。各研究方向的学术带头人组织学术骨干有针对性地开展学术研究活动。

依托单位广西大学建立健全有一系列管理制度，并汇编成册。包括实验室管理条例、开放课题申请指南和管理办法、经费管理办法、科研成果奖励办法、学术交流管理办法、仪器管理条例、实验室安全管理制度、实验室日常管理制度、实验室卫生管理制度、固定成员管理条例和流动站成员管理条例、知识产权的管理和专利保护规定等文件。

实验室主要规章制度如下：

（1）广西壮族自治区重点实验室建设与运行管理办法（桂科基字[2011]44号）

（2）广西大学实验中心（室）工作条例

（3）广西大学消防安全管理暂行规定

（4）广西大学仪器设备管理办法

（5）广西大学进口仪器设备管理办法

（6）广西大学仪器设备购置与验收管理办法

（7）广西大学自行采购设备管理细则

（8）广西大学实验室开放管理办法

（9）广西大学仪器设备开放共享管理办法

（10）广西大学大型仪器设备开放基金管理办法

（11）广西大学教学仪器设备维修经费管理规定

（12）广西大学实验教学安全管理规定

（13）广西大学实验室安全应急预案

（14）广西大学重点实验室评估与考核办法

（15）广西电力系统最优化与节能技术重点实验室学生指南